联合多种高通量表达谱数据库挖掘胃癌S100基因的差异表达

表1 系列GSE545和GES14中关于胃癌和正常胃组织的样本GSM

GSM	Delineation
GSM9103	SAGE_Hiroshima_GC_P208T
GSM8505	SAGE_Hiroshima_GC_W246T
GSM8867	SAGE_Hiroshima_GC_W226T
GSM9104	SAGE_Hiroshima_GC_P208L
GSM7800	SAGE_Hiroshima_GC_S219T
GSM2385	SAGE_gastric_cancer-G189
GSM14760	SAGE_Stomach_cancer_B_X43
GSM757	SAGE_gastric_cancer-G234
GSM784	SAGE_normal_gastric_body_epithelial
GSM14780	SAGE_Stomach_normal_B_antrum

GSM: 数据集编号.

表2 S100基因对应的SAGE标签和Unigene簇号

基因	基因数据库簇号	SAGE标签
S100A2	516484	GATCTCTTGG
S100A3	433168	TCTCCCACAC
S100A4	81256	ATGTGTAACG
S100A6	275243	CCCCCTGGAT
S100A7	112408	GAGCAGCGCC
S100A8	416073	TACCTGCAGA
S100A9	112405	GTGGCCACGG
S100A10	143873	AGCAGATCAG
S100A12	19413	GATTTTTAAA
S100A16	515714	AGCAGGAGCA

表3 S100A2在部分组织和对应癌组织中的EST和SAGE数据库中丰度值

人体组织	EST数据			SAGE数据
	正常组织	癌组织	P值	正常组织	癌组织	P值
全部组织	58/3363544	83/2520094	0.00	10298/72145585	26873/81510018	nan
结肠	0/26958	3/153788	0.371	1/98089	57/643586	0.005
肝	0/99275	0/107967	-	0/66308	505/214987	0.000
皮肤	4/74261	6/125591	0.453	6154/26905847	25297/34522313	nan
胃	0/27005	3/66679	0.281	0/124767	63/448716	0.000

表4 关于胃癌和正常胃组织微阵列数据5个系列GSE

数据集	例数(n)		微阵列	杂交点
	正常组织	癌组织
GSE2637	3	55	cDNA	13K/17K
GSE2685	8	22	Oligo-nucleotide	-7.2K
GSE2669	10	64	cDNA	-7.4K
GSE2701	22	90	cDNA	44K
GSE3438	50	50	cDNA	14K

表5 SAGE 分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平

基因	基因数据库簇号	SAGE标签	正常组织(tpm1)	癌组织(tpm1)
S100A2	516484	GATCTCTTGG	0.0	98.1
S100A3	433168	TCTCCCACAC	0.0	2.8
S100A4	81256	ATGTGTAACG	0.0	207.8
S100A6	275243	CCCCCTGGAT	245.9	865.9
S100A7	112408	GAGCAGCGCC	0.0	143.8
S100A8	416073	TACCTGCAGA	0.0	549.2
S100A9	112405	GTGGCCACGG	0.0	637.0
S100A10	143873	AGCAGATCAG	263.6	1890.5
S100A12	19413	GATTTTTAAA	0.0	13.9
S100A16	515714	AGCAGGAGCA	0.0	130.6

仅列出了表达差异有意义的S100基因.

¹tags per million.

表6 虚拟电子杂交分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平

基因	EST标签(tpm1)		SAGE标签(tpm1)
	正常组织	癌组织	正常组织	癌组织
S100A2	0.0	25.9	0.0	200.5
S100A3	0.0	0.0	0.0	0.0
S100A4	52.3	293.7	0.0	168.4
S100A7	0.0	0.0	0.0	304.8
S100A9	0.0	8.6	0.0	1339.4
S100A10	0.0	181.4	272.3	1483.7
S100A12	0.0	0.0	0.0	0.0
S100A13	0.0	43.2	0.0	0.0

仅列出了表达差异有意义的S100基因.

¹tags per million.

表7 虚拟微阵列分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平

基因	GSE3438			GSE2669			GSE2701
	正常组织1	癌组织1	P值	正常组织1	癌组织1	P值	正常组织1	癌组织1	P值
S100A2	-0.22	0.00	0.00	1.03	1.35	0.01	-0.95	-0.36	0.00
S100A3	-	-	-	0.84	1.55	0.03	-0.14	0.05	0.03
S100A4	-0.23	0.30	0.00	-	-	-	-	-	-
S100A6	-0.43	0.27	0.00	-	-	-	-	-	-
S100A7	-	-	-	-	-	-	-1.00	-0.35	0.00
S100A8	-	-	-	0.32	0.69	0.01	0.66	0.70	0.81
S100A9	-	-	-	1.25	3.48	0.00	0.42	0.79	0.13
S100A10	-0.50	0.42	0.00	0.46	1.36	0.00	0.19	1.22	0.00
S100A12	-	-	-	-	-	-	0.50	0.21	0.01

仅列出了表达差异有意义的S100基因.

¹微阵列数据; -: 数据集中不存在.