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世界华人消化杂志. 2015-05-18; 23(14): 2208-2214
Published online 2015-05-18. doi: 10.11569/wcjd.v23.i14.2208
Published online 2015-05-18. doi: 10.11569/wcjd.v23.i14.2208
联合多种高通量表达谱数据库挖掘胃癌S100基因的差异表达
刘骥, 李雪, 中国人民解放军空军杭州航空医学鉴定训练中心 浙江省杭州市 310013
李纪鹏, 王为忠, 中国人民解放军第四军医大学西京消化病医院消化三科 陕西省西安市 710032
刘骥, 主治医师, 医学博士, 主要从事胃癌的基础研究.
作者贡献分布: 此课题由刘骥与王为忠设计; 刘骥与李纪鹏负责数据挖掘与生物信息学分析; 刘骥与李雪负责统计学分析; 刘骥、李雪、李纪鹏及王为忠参与论文写作.
通讯作者: 刘骥, 主治医师, 310013, 浙江省杭州市西湖区杨公堤15号, 中国人民解放军空军杭州航空医学鉴定训练中心. ljlonging@foxmail.com
电话: 0571-87349040
收稿日期: 2015-02-25
修回日期: 2015-03-30
接受日期: 2015-04-01
在线出版日期: 2015-05-18
修回日期: 2015-03-30
接受日期: 2015-04-01
在线出版日期: 2015-05-18
Abstract
目的: 探讨利用生物信息学方法筛选胃癌组织与正常胃组织差异表达基因的可行性及具体方法, 寻找胃癌相关S100基因.
方法: 联合SAGE分析、虚拟电子杂交和虚拟微阵列, 挖掘癌基因组解剖计划和基因表达综合数据库资源中关于胃癌和正常胃组织差异表达S100基因.
结果: 5个S100基因在胃癌组织中上调表达, 包括S100A2、S100A3、S100A4、S100A7和S100A10. S100A3是新的胃癌过表达基因.
结论: 首次探讨性利用生物信息学方法系统分析胃癌S100基因表达. 多个S100家族成员在胃癌中上调表达. 联合多数据库挖掘肿瘤相关基因是一个可靠的方法, 给进一步生物学实验以大量的提示.
Keywords: 胃癌; S100; 生物信息学; 基因表达系列分析; 表达系列标签; 微阵列; 基因表达综合数据库; 癌症基因组解剖计划
核心提示: 本课题联合SAGE分析、虚拟电子杂交和虚拟微阵列分析,系统分析了S100基因家族在胃癌组织中的表达情况, 挖掘了5个S100基因在3个in silico分析方法中均显示在胃癌组织中上调表达, 分别是S100A2、S100A3、S100A4、S100A7和S100A10. 在这5个S100基因中, 只有S100A3第1次报道是胃癌相关基因, 相对正常胃组织, S100A3在胃癌中上调表达.