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基于GEO数据库对胆管癌潜在分子靶点的筛选及生物信息学分析
于珍, 吴静, 张磊, 刘树业, 天津市第三中心医院检验科, 天津市重症疾病体外生命支持重点实验室, 天津市人工细胞工程技术研究中心, 天津市肝胆疾病研究所 天津市 300170
于珍, 博士, 主要从事消化系统肿瘤的靶向治疗研究.
基金项目: 天津市卫生计生行业高层次人才选拔培养工程青年医学新锐项目 .
作者贡献分布: 本文由于珍与刘树业设计; 研究过程由于珍与吴静完成; 数据分析由于珍与张磊完成; 本论文写作由于珍与刘树业完成.
通讯作者: 刘树业, 教授, 300170, 天津市河东区津塘路83号, 天津市第三中心医院检验科. lshye@163.com
收稿日期: 2021-12-03
修回日期: 2021-12-22
接受日期: 2022-01-20
在线出版日期: 2022-02-08
修回日期: 2021-12-22
接受日期: 2022-01-20
在线出版日期: 2022-02-08
文章亮点
实验背景
胆管癌是胆道常见的恶性肿瘤, 预后不佳. 靶向治疗是改善胆管癌治疗效果的重要手段, 探索新的分子靶点对于胆管癌靶向治疗的研究十分必要.
实验动机
寻找影响胆管癌发生和进展的枢纽基因对于开发胆管癌靶向治疗的靶点具有重要意义.
实验目标
通过生物信息学方法探索胆管癌靶向治疗的潜在分子靶点.
实验方法
利用GEO数据库分析2组胆管癌数据集, 得到共同差异表达基因. 通过GO富集分析与KEGG通路分析共同差异基因主要参与的生物学过程与信号通路. 基于String数据库构建蛋白质互作网络图, 经过Cytoscape软件筛选枢纽基因, 通过GEPIA数据库验证枢纽基因在胆管癌与正常组织中的表达量.
实验结果
2组胆管癌数据集共包含158个共同差异表达基因. GO富集分析及KEGG通路分析结果显示, 差异基因主要参与细胞对锌离子反应, 细胞增殖与粘附等生物学过程, 涉及矿物质吸收、代谢、PPAR信号通路及脂肪酸降解等信号通路. 最终筛选得到了8个上调的枢纽基因, 在胆管癌组织中表达量显著高于正常组织.
实验结论
本研究通过生物信息学方法获得了与胆管癌发生与进展息息相关的8个枢纽基因, 分别为NUSAP1, TOP2A, RAD51AP1, MCM4, KIAA0101, CDCA5, TYMS, ZWINT, 可能为胆管癌靶向治疗的潜在分子靶点.
展望前景
这8个枢纽基因对胆管癌的影响和机制需进一步通过实验验证, 有望为胆管癌靶向治疗分子靶点的开发提供新思路.