基础研究
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世界华人消化杂志. 2022-02-08; 30(3): 128-135
Published online 2022-02-08. doi: 10.11569/wcjd.v30.i3.128
基于GEO数据库对胆管癌潜在分子靶点的筛选及生物信息学分析
于珍, 吴静, 张磊, 刘树业
于珍, 吴静, 张磊, 刘树业, 天津市第三中心医院检验科, 天津市重症疾病体外生命支持重点实验室, 天津市人工细胞工程技术研究中心, 天津市肝胆疾病研究所 天津市 300170
于珍, 博士, 主要从事消化系统肿瘤的靶向治疗研究.
基金项目: 天津市卫生计生行业高层次人才选拔培养工程青年医学新锐项目.
作者贡献分布: 本文由于珍与刘树业设计; 研究过程由于珍与吴静完成; 数据分析由于珍与张磊完成; 本论文写作由于珍与刘树业完成.
通讯作者: 刘树业, 教授, 300170, 天津市河东区津塘路83号, 天津市第三中心医院检验科. lshye@163.com
收稿日期: 2021-12-03
修回日期: 2021-12-22
接受日期: 2022-01-20
在线出版日期: 2022-02-08
Abstract
背景

胆管癌恶性程度高, 预后差. 靶向治疗是胆管癌的重要研究方向, 探索新的分子靶点对于胆管癌靶向治疗至关重要.

目的

用生物信息学分析方法挖掘胆管癌的枢纽基因, 为胆管癌的靶向治疗提供潜在分子靶点.

方法

从GEO数据库中下载2组胆管癌表达谱芯片数据, 采用GEO2R在线分析工具筛选胆管癌肿瘤组织与正常组织差异表达基因, 对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用网络分析, 利用Cytoscape软件筛选枢纽基因.使用GEPIA数据库对枢纽基因在胆管癌组织中的表达量进行验证.

结果

共得到共同差异表达基因158个. GO富集分析结果显示, 差异基因主要参与细胞对锌离子反应、细胞增殖与粘附、代谢以及蛋白质聚合等生物学过程, 主要存在外泌体、胞外区、弹性纤维等区域, 主要分子功能与结合肝素、半胱氨酸型内肽酶抑制剂活性、蛋白质同源二聚化、受体结合及磷酸吡哆醛结合等相关. KEGG通路分析结果显示, 差异基因主要参与矿物质吸收、代谢、PPAR信号通路及脂肪酸降解等过程. 基于String数据库构建蛋白质相互作用网络图, Cytoscape软件CytoHubba插件筛选枢纽基因, 皆为上调基因. GEPIA数据库验证枢纽基因在胆管癌组织中表达量显著高于正常组织.

结论

本研究获取了8个与胆管癌相关的枢纽基因, 分别是NUSAP1, TOP2A, RAD51AP1, MCM4, KIAA0101, CDCA5, TYMS, ZWINT. 这些基因为深入研究胆管癌的靶向治疗提供了新思路, 有望成为新的分子治疗靶点.

Keywords: 胆管癌; 生物信息学; 分子靶点; 差异表达基因

核心提要: 本研究利用生物信息学方法, 探索胆管癌与正常组织的差异表达基因, 分析其参与的主要生物学过程与信号通路, 通过筛选与验证最终得到8个枢纽基因, 为深入研究胆管癌靶向治疗分子靶点提供一定理论基础.