基于铁死亡相关lncRNA构建肝细胞癌预后模型

文章亮点

实验背景

肝细胞癌是我国高发恶性肿瘤之一, 70%-80%首诊时已是晚期, 居我国恶性肿瘤相关死亡原因第三位. 尽管近年来, 外科手术治疗、介入治疗、化学药物治疗等传统方法和靶向、免疫治疗等创新疗法均取得了显著进步, 但是肝细胞癌患者总体生存期仍待进一步提升. 因此,探究肝细胞癌发生发展机制、新治疗策略和潜在生存预后预测模型, 来指导临床个体化治疗显得十分迫切.

实验动机

铁死亡是一种铁依赖性的、非细胞凋亡性的新型细胞死亡方式. 研究表明, 铁死亡基因及其相关lncRNA可以调控多种恶性肿瘤的发生发展过程, 如胶质母细胞瘤、肺癌、卵巢癌和胰腺导管腺癌等, 并初步构建了相关模型预测预后. 然而, 铁死亡相关lncRN肝细胞癌分子层面中的机制尚不明确, 同时预测模型构建方面研究较少.

实验目标

本研究通过生物信息学方法, 探究铁死亡相关lncRNA与肝细胞癌患者预后之间的关系, 并构建生存预后预测模型, 为其个体化治疗和免疫研究提供依据.

实验方法

检索癌症基因组图谱数据库, 获取肝细胞癌患者正常样本和肿瘤样本转录组数据及其临床相关信息. 采用共表达分析方法获得与铁死亡基因密切相关lncRNA. 采用单、多因素Cox回归分析方法获取与肝细胞癌患者预后密切相关铁死亡相关lncRNA, 构建基于铁死亡相关lncRNA预后风险评分模型, 并进行验证.

实验结果

分析癌症基因组图谱数据库下载数据, 筛选共获得147个铁死亡相关lncRNA. 单、多因素Cox回归分析分别获得49个和11个与HCC生存预后相关的铁死亡相关lncRNA. 生存分析结果显示, 高风险组生存率显著低于低风险组(P＜0.001). 独立预后分析结果表明, 模型风险评分是预测HCC患者预后的独立风险因素. 免疫功能分析结果提示, 高风险组中免疫细胞溶解活性和Ⅱ型干扰素应答呈抑制状态, 而高风险组中MHC Ⅱ类分子途径呈高反应状态.

实验结论

铁死亡相关lncRNA模型风险评分是预测肝细胞癌患者预后的独立风险因素. 机制可能时通过调控免疫细胞溶解活性、Ⅱ型干扰素应答及MHC Ⅱ类分子途径发挥调控作用.

展望前景

铁死亡相关lncRNA模型有望成为临床评估肝细胞癌患者预后的评分工具之一, 同时该模型中相关lncRNA可能成为肝细胞癌靶向或免疫治疗的潜在靶点.