基础研究
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世界华人消化杂志. 2022-07-28; 30(14): 623-630
Published online 2022-07-28. doi: 10.11569/wcjd.v30.i14.623
基于铁死亡相关lncRNA构建肝细胞癌预后模型
王海明, 何基安, 王建华
王海明, 何基安, 王建华, 北辰中医医院外科 天津市 300400
王海明, 硕士研究生, 主治医师, 主要研究方向为肝癌与免疫.
作者贡献分布: 此课题由王海明设计; 数据获取、数据统计和文章撰写由王海明和何基安共同完成; 王建华负责最终审校.
通讯作者: 王海明, 主治医师, 300400, 天津市北辰区京津路436号, 天津市北辰区中医医院普外科. whmishere@126.com
收稿日期: 2022-04-24
修回日期: 2022-05-26
接受日期: 2022-06-21
在线出版日期: 2022-07-28
Abstract
背景

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)在基因表达过程中发挥着关键调控作用, 与铁死亡过程存在着密切关系. 目前肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中基于铁死亡相关lncRNA作为生物标志物研究鲜见.

目的

探讨铁死亡相关lncRNA与HCC之间的相关性, 并构建HCC生存预后预测模型, 为其个体化治疗和免疫研究提供依据.

方法

利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库下载HCC转录组数据与临床信息, 利用FerrDb数据库下载铁死亡基因, 通过共表达方法筛选出铁死亡相关lncRNA, 利用R软件对铁死亡基因和其相关lncRNA进行差异分析. 利用Cox回归分析筛选出与HCC预后相关的铁死亡相关lncRNA, 构建HCC患者生存预后预测模型. 计算TCGA数据库中各HCC样本的预测模型风险值, 根据风险值中位数分为高低风险组. 利用生存分析、单、多因素独立预后分析和ROC曲线, 验证预测模型的准确性和实用性. 利用ssGSEA富集分析评估高、低风险组中免疫反应情况.

结果

筛选共获得147个铁死亡相关lncRNA, 单、多因素Cox回归分析分别获得49个和11个与HCC生存预后相关的铁死亡相关lncRNA. 生存分析结果显示, 高风险组生存率显著低于低风险组(P<0.001). 独立预后分析结果表明, 模型风险评分是预测HCC患者预后的独立风险因素. 免疫功能分析结果提示, 高风险组中免疫细胞溶解活性和Ⅱ型干扰素应答呈抑制状态, 而高风险组中MHC Ⅱ类分子途径呈高反应状态.

结论

本研究在HCC患者中构建了基于铁死亡相关lncRNA预测模型, 为临床评估HCC患者预后提供了理论依据, 并为铁死亡水平相关靶向治疗提供了一定参考.

Keywords: 铁死亡; 长链非编码RNA; 肝细胞癌

核心提要: 长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)在基因表达过程中发挥着关键调控作用, 与铁死亡过程存在着密切关系. 本研究通过生物信息学方法证实铁死亡相关lncRNA模型风险评分是预测HCC患者预后的独立风险因素.