基础研究
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世界华人消化杂志. 2021-05-08; 29(9): 455-460
Published online 2021-05-08. doi: 10.11569/wcjd.v29.i9.455
基于全基因组测序对双重耐药幽门螺杆菌外排泵基因变异的研究
叶淑芳, 张剑美, 代飞, 蓝陈菊, 章小君, 周丽珍, 汤清清, 孟飞
叶淑芳, 张剑美, 代飞, 蓝陈菊, 章小君, 周丽珍, 丽水市人民医院消化内科, 浙江省丽水市 323000
叶淑芳, 主任医师, 研究方向为消化系统疾病.
汤清清, 孟飞, 杭州致远医学检验所有限公司, 浙江省杭州市 310000
基金项目: 浙江省科学技术厅2020年省公益技术研究项目, No. LGF20H030005; 丽水市消化内镜临床医学研究科技创新团队, No. 2018cxtd05.
作者贡献分布: 此课题由叶淑芳设计; 研究过程由叶淑芳、张剑美、代飞、蓝陈菊、章小君、周丽珍、汤清清操作完成; 数据分析由叶淑芳、孟飞完成; 本论文写作由叶淑芳完成.
通讯作者: 叶淑芳, 主任医师, 323000, 浙江省丽水市莲都区大众街15号, 丽水市人民医院消化内科. 13735951698@163.com
收稿日期: 2021-01-29
修回日期: 2021-03-16
接受日期: 2021-03-28
在线出版日期: 2021-05-08
Abstract
背景

世界上50％以上的人口感染幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori). 随着抗生素的广泛使用, 抗生素耐药成为H. pylori感染患者根除失败的主要原因. 目前有不少研究报道外排泵基因过表达和耐药的产生相关.

目的

为了未来的H. pylori感染治疗有更多方法, 探索外排泵基因的变异与双重耐药菌株耐药性产生的内在联系.

方法

使用13C呼气试验及药物敏感试验进行双重耐药菌株及敏感菌株的筛选, 用特异性PCR的常规方法进行耐药基因突变位点的验证, 基于MiSeq平台, 对10例临床菌株进行全基因组测序, 以鉴定双重耐药表型与敏感表型的外排泵基因的单核苷酸变体(single nucleotide variants, SNV)并分析, 参考菌株使用ATCC26695.

结果

H. pylori药敏试验结果显示, 丽水地区H. pylori对克拉霉素及左氧氟沙星都具有较高的耐药率. 采用特异性PCR法在5株临床双重耐药菌株中检测到23S rRNA基因及gyrA的点突变, 在5株临床敏感菌株中未检测到. 全基因测序检测了涉及多耐药性的TolC同源物的四个基因簇(HP0605-HP0607, HP0971-HP0969, HP1327-HP1329和HP1489-HP1487)的遗传变异. 在双重耐药性H. pylori菌株中发现一个突变的SNV.

结论

丽水地区抗生素使用应严格监控, 避免滥用. TolC同源基因的基因簇与H. pylori菌株的抗生素耐药性相关. 全基因组测序对基因型与表型的关系有了新的认识.

Keywords: 双重耐药菌株; 幽门螺杆菌; 全基因组测序; 耐药性; 外排泵基因

核心提要: 本研究利用全基因组测序对幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori)外排泵基因进行研究, 发现双重耐药菌株的外排泵系统的中存在一个C111T位点突变, 而敏感菌株中没有. 表明外排泵基因可能与H.pylori菌株的抗生素耐药性相关. 对未来关于幽门螺杆菌耐药机制的研究起到一定的数据支持作用.