基础研究
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世界华人消化杂志. 2019-07-08; 27(13): 814-821
Published online 2019-07-08. doi: 10.11569/wcjd.v27.i13.814
长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义: 基于多基因表达数据库分析
倪雅懿, 薛丽华, 张培, 朱广博
倪雅懿, 薛丽华, 张培, 朱广博, 天津市人民医院检验科 天津市 300121
倪雅懿, 主管技师, 主要从事结直肠癌临床检验工作与研究.
作者贡献分布: 此课题由倪雅懿与朱广博设计; 研究过程由倪雅懿、薛丽华及张培操作完成; 数据分析由倪雅懿与薛丽华完成; 本论文写作由倪雅懿及广博完成.
通讯作者: 朱广博, 主任技师, 300121, 天津市红桥区芥园道190号, 天津市人民医院检验科. 3529769795@qq.com
电话: 022-27557516
收稿日期: 2019-04-03
修回日期: 2019-06-05
接受日期: 2019-06-25
在线出版日期: 2019-07-08
Abstract
背景

结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是临床中最为常见的消化系统恶性肿瘤, 近年来长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA, LncRNA)在CRC发生、发展及侵袭转移中发挥重要作用. MALAT1为新近发现的LncRNA, 其在CRC中的作用及与患者预后的关系并不十分清楚.

目的

应用生物信息数据挖掘技术探讨LncRNA MALAT1在大肠癌中的差异表达及其临床意义.

方法

应用BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况. 在肿瘤芯片表达数据库Oncomine中荟萃分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性. 在STRING数据库中应用蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关蛋白.

结果

MALAT1在正常大肠癌组织中的相对表达量较低. Oncomine数据库中, 大肠癌差异表达的研究8项, 其中6项在大肠癌中高表达, 2项低表达. 比较大肠癌与对应正常组织的相关芯片数据为18个. 大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织(P = 0.027). 按结肠癌与直肠癌进亚组分析, 结肠癌组织与正常组织MALAT1表达水平无统计学差异(P = 0.149), 而直肠癌组织中MALAT1表达水平明显高于对应正常组织(P = 1.04 E-5). 在Kaplan-Meier Plotter数据平台中分析MALAT1高、低表达组总生存期分别为41.93 mo和52.2 mo, 差异无统计学意义(HR = 0.64, 95%CI: 0.29-1.39, P = 0.25). String数据库中分析与MALAT1可能相互作用的蛋白, 结果显示MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA, 等具有相互作用关系. 共表达分析显示MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系, 提示这些基因在功能上可能具有相似性.

结论

大肠癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调, 但MALAT1表达水平与患者预后并无相关性. MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA蛋白相互作用, 上述相互作用蛋白包括多梳蛋白家族, 周期蛋白依赖性蛋白激酶等, 与肿瘤的基因表达、转录调控及细胞分裂有关.

Keywords: 大肠癌; MALAT1基因; 差异表达; 预后; 生物信息; 数据挖掘

核心提要: 本文通过生物信息学数据深入挖掘, 初步探讨并明确了长链非编码RNA MALAT1在结直肠癌(colorectal cancer, CRC)中表达水平、相关信号通路及其与患者预后的关系. 研究认为, MALAT1在CRC患者癌组织中的表达水平明显高于癌旁正常组织. MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA等具有相互作用关系且MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系, 提示这些基因在功能上可能具有相似性. 但由于样本量、检测方法等原因, 研究结果并未发现MALAT1表达水平与CRC患者预后有关. 因此, MALAT1表达水平与CRC患者预后的关系有待进一步研究.