基础研究
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世界华人消化杂志. 2017-12-28; 25(36): 3191-3202
Published online 2017-12-28. doi: 10.11569/wcjd.v25.i36.3191
基于16S rRNA序列分析肠道菌群失调与溃疡性结肠炎的相关性
姜洋, 赵秋枫, 王实, 罗灵和, 徐平珍
姜洋, 浙江省立同德医院科教部 浙江省杭州市 310012
赵秋枫, 罗灵和, 徐平珍, 浙江省立同德医院消化科 浙江省杭州市 310012
王实, 浙江省肿瘤医院消化内科 浙江省杭州市 310022
姜洋, 工程师, 主要从事生物信息学、药物重定位的研究.
作者贡献分布: 课题设计由赵秋枫完成; 论文撰写及数据分析由姜洋完成; 临床采样由王实、罗灵和及徐平珍完成.
基金项目: 浙江省科技计划基金资助项目, No. 2014C33209.
通讯作者: 姜洋, 研究员, 310012, 浙江省杭州市西湖区文一路310号, 浙江省立同德医院科教部. jybackup@163.com
电话: 0571-89975971
收稿日期: 2017-10-20
修回日期: 2017-11-24
接受日期: 2017-12-03
在线出版日期: 2017-12-28
Abstract
目的

采用高通量测序技术检测溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)和正常人群的肠道菌群分布, 挖掘与UC形成和发展显著相关的菌属结构, 促进UC的研究和新药开发.

方法

提取各研究样本染色体DNA, 并进行DNA片段长度检测和定量. 对提取的DNA样本进行16S rRNA V3区基因扩增及焦磷酸测序.

结果

UC患者的肠道菌群整体结构与健康对照人群具有显著的差异, 主要表现为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门丰度降低. 其中在11个代谢通路中二组平均丰度存在显著差异(P<0.05).

结论

肠道菌群结构的异常改变与UC的发生发展存在较强相关性. 多个代谢通路参与了UC的形成发展. 通过分析疾病相关的关键菌群结构, 有助于了解疾病的分子病理基础, 并为新药设计提供可借鉴的理论依据.

Keywords: 溃疡性结肠炎; 16S rRNA; 测序; 肠道菌群

核心提要: 本文主要通过对正常人群和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)患者肠道菌群的检测, 发现二者之间肠道菌群的菌群结构差异. 并结合KEGG数据库挖掘和UC显著相关的信号通路, 为UC药物靶标的设计提供可借鉴的思路.