基础研究
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世界华人消化杂志. 2017-08-28; 25(24): 2200-2208
Published online 2017-08-28. doi: 10.11569/wcjd.v25.i24.2200
基于RNA-Seq技术的先天性巨结肠转录组学
姜茜, 李颀, 张震, 肖萍, 王慧, 李龙
姜茜, 王慧, 首都儿科研究所遗传研究室 北京市 100020
李颀, 张震, 李龙, 首都儿科研究所附属儿童医院普通外科 北京市 100020
肖萍, 首都儿科研究所附属儿童医院病理科 北京市 100020
姜茜, 副研究员, 主要从事肠神经系统发育与先天性巨结肠的分子遗传学发病机制方面的研究.
作者贡献分布: 本课题由姜茜设计; 研究过程由姜茜、李颀、张震、肖萍及王慧完成; 论文撰写由姜茜与李龙完成.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 81300266; 北京市自然科学基金资助项目, No. 7142029; 北京市优秀人才培养资助项目, No. 2013D003034000007; 北京市科技新星资助项目, No. Z151100000315091.
通讯作者: 李龙, 教授, 主任医师, 100020, 北京市朝阳区雅宝路2号, 首都儿科研究所附属儿童医院普通外科. lilong23@126.com
电话: 010-85695669
收稿日期: 2017-06-21
修回日期: 2017-07-21
接受日期: 2017-08-01
在线出版日期: 2017-08-28
Abstract
目的

筛选先天性巨结肠(hirschsprung disease, HSCR)患者病变肠组织和正常肠组织的差异表达基因.

方法

选取2例全结肠型HSCR、1例长段型HSCR患者, 从福尔马林固定后石蜡包埋样本中提取RNA, 采用去除核糖体的方法构建cDNA文库后, 应用RNA-Seq全面分析3对肠组织样本的转录组, 筛选出病变组织和正常组织的差异表达基因. 应用GO(gene ontology)方法分析差异表达基因的功能聚类, 应用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路.

结果

3对标本的总RNA提取质量合格, RNA-Seq测序数据质量合格, 测序数据与人类基因组参考基因对比匹配率合格, 样品间基因表达相关性合格. 3对病变组织和正常组织共有1382个差异表达基因, 包括899个表达一致上调的基因、483个表达一致下调的基因. 1382个差异表达基因被分为383个功能聚类. KEGG分析表明这些差异表达基因参与胆汁分泌、蛋白质消化与吸收、脂肪消化与吸收、维生素A代谢、类固醇激素生物合成、淀粉和蔗糖代谢等信号通路.

结论

本研究首次利用RNA-Seq技术对先天性巨结肠病变组织和正常组织中的差异表达基因进行了全面分析, 可为推动疾病发病机制的研究提供新思路.

Keywords: 先天性巨结肠; 全转录组测序; 差异表达基因; 福尔马林固定后石蜡包埋

核心提要: 基于全转录组测序技术, 作者通过对先天性巨结肠患者病变组织和正常组织中的差异表达基因进行全面分析, 初步发现了几个重要的转录因子家族成员可能参与疾病发生.