Copyright
©The Author(s) 2016. Published by Baishideng Publishing Group Inc. All rights reserved.
利用微阵列芯片技术探究基因FOXQ1与大肠癌的关系
郑极, 白璇, 岳柯琳, 郭强, 云南省第一人民医院(昆明理工大学附属医院)消化内科 云南省昆明市 650032
郑极, 白璇, 岳柯琳, 郭强, 昆明理工大学医学院 云南省昆明市 650032
唐慧, 云南省第一人民医院(昆明理工大学附属医院)临床基础医学研究所 云南省昆明市 650032
郑极, 在读硕士, 主要从事消化系肿瘤的分子机制基础研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, Nos. 81260323, 81502556; 云南省科技厅-昆明医科大学联合基金资助项目, Nos. 2012FB095, 2014FB088; 云南省中青年学术技术带头人后备人才培养基金资助项目, No. 2013HB083; 云南省卫生厅基金资助项目, No. 2014N272.
作者贡献分布: 此课题由郭强与唐慧设计; 研究过程由郑极操作完成; 唐慧负责实验指导; 白璇与岳柯琳负责实验前期基因敲低细胞系的构建; 郭强与唐慧负责论文指导与修改; 论文写作由郑极完成.
通讯作者: 郭强, 主任医师, 650032, 云南省昆明市金碧路157号, 云南省第一人民医院(昆明理工大学附属医院)消化内科. gqkj003@sina.com
电话: 0871-63638772 传真: 0871-63648772
收稿日期: 2015-12-17
修回日期: 2016-01-12
接受日期: 2016-01-19
在线出版日期: 2016-02-28
修回日期: 2016-01-12
接受日期: 2016-01-19
在线出版日期: 2016-02-28
Abstract
目的: 应用全基因组表达谱芯片和microRNA芯片检测人结肠癌细胞DLD1在敲低FOXQ1基因前后mRNA和microRNA的表达改变.
方法: 抽提两组细胞的RNA, 分别与Whole Human Genome Oligo Microarray(4×44 K, Agilent Technologies)全基因组表达谱芯片和miRCURYTM LNA Array(v.18.0, Agilent Technologies)microRNA芯片进行杂交, 应用genespring、genepix软件对芯片结果进行统计, 对全基因组表达谱芯片进行GO、pathway分析, 并应用qRT-PCR对部分结果进行验证. 应用Microsoft Excel和SPSS17.0软件进行统计学分析.
结果: 全基因组表达谱的检测结果表明, 敲低FOXQ1基因后, 在芯片所涵盖的41093个基因中, 共有255个基因上调, 176个基因下调. qRT-PCR的验证结果与全基因组表达谱芯片的结果基本相符. MicroRNA芯片的检测结果表明, 敲低FOXQ1基因后, 共有31个microRNA上调, 12个microRNA下调.
结论: 本研究了解了FOXQ1基因敲低前后mRNA和microRNA的表达改变, 为后续FOXQ1在结肠癌的发生发展中的作用机制研究提供了重要的线索和实验依据.
Keywords: FOXQ1; 癌基因; 全基因组表达谱芯片; MicroRNA芯片
核心提示: 首次研究了FOXQ1(homo sapiens fork head box Ql)敲低前后, 全基因组水平上的蛋白转录和microRNA表达水平的改变, 为探究FOXQ1在促进大肠癌发生发展中的分子生物学机制和后续临床实验指明了实验方向.