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世界华人消化杂志. 2014-08-18; 22(23): 3380-3387
Published online 2014-08-18. doi: 10.11569/wcjd.v22.i23.3380
Published online 2014-08-18. doi: 10.11569/wcjd.v22.i23.3380
应用二代测序技术筛选压力作用下肝星状细胞的差异表达基因
齐峰, 胡江峰, 唐丹, 刘保海, 朱樑, 中国人民解放军第二军医大学附属长征医院消化内科 上海市 200003
齐峰, 在读硕士, 主要从事消化系统疾病的研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 11272342.
作者贡献分布: 此课题由朱樑与齐峰设计; 研究过程由齐峰、胡江峰及唐丹操作完成; 研究所用试剂与分析工具由朱樑提供; 数据分析由齐峰完成; 本论文写作由齐峰、刘保海及朱樑完成.
通讯作者: 朱樑, 教授, 主任医师, 200003, 上海市凤阳路415号, 中国人民解放军第二军医大学附属长征医院消化内科. zhuliangcz@126.com
电话: 021-81885261
收稿日期: 2014-06-04
修回日期: 2014-07-03
接受日期: 2014-07-15
在线出版日期: 2014-08-18
修回日期: 2014-07-03
接受日期: 2014-07-15
在线出版日期: 2014-08-18
Abstract
目的: 应用基因二代测序技术检测肝星状细胞(hepatic stellate cell, HSC)在压力作用后基因表达谱改变及可能机制.
方法: 分离培养原代肝星状细胞, 培养14 d加载10 mmHg的压力1 h, 提取总RNA, 逆转录cDNA, 用DEG-Seq对实验组与对照组进行比较, 筛选得到差异基因.
结果: 肝星状细胞中979条基因出现差异表达, 其中14条基因表达差异最为显著, 10条基因表达上调, 4条基因表达下调, 这些基因功能与合成代谢、免疫应答、细胞凋亡等相关.
结论: 应用基因二代测序技术筛选出压力作用下肝星状细胞差异表达的基因, 其可能通过调控这些基因来适应外界压力刺激.
Keywords: 压力; 肝星状细胞; 肝纤维化; 基因二代测序
核心提示: 分离培养原代肝星状细胞(hepatic stellate cell), 培养14 d加载10 mmHg的压力1 h, 提取总RNA, 逆转录cDNA, 应用基因二代测序技术对实验组与对照组进行比较, 筛选得到差异基因, 并通过Real-time PCR验证筛选的差异基因.