临床经验
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世界华人消化杂志. 2014-06-08; 22(16): 2306-2316
Published online 2014-06-08. doi: 10.11569/wcjd.v22.i16.2306
中国人群乙型肝炎病毒基因分型不同方法和标准的比较
李可可, 刘莹, 姚品芳, 陈真, 王红, 李劲
李可可, 刘莹, 王红, 李劲, 中南民族大学生命科学学院 湖北省武汉市 430074
姚品芳, 陈真, 湖北省肿瘤医院 湖北省武汉市 430079
李可可, 主要从事分子病毒学的研究.
基金项目: 武汉市科技计划基金资助项目, No. 2013060501010152.
作者贡献分布: 李可可与李劲对此文所作贡献均等, 主要负责课题的设计、实验的实施、数据的分析、文献的查找及论文的撰写; 参与研究过程的还有刘莹、姚品芳、陈真及王红.
通讯作者: 李劲, 副教授, 博士, 430074, 湖北省武汉市洪山区民族大道182号, 中南民族大学生命科学学院. 3027007@mail.scuec.edu.cn
电话: 027-67843181
收稿日期: 2014-03-05
修回日期: 2014-04-14
接受日期: 2014-04-24
在线出版日期: 2014-06-08
Abstract

目的: 将来自中国不同地区不同民族乙型肝炎检测"大三阳"学生的外周血乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)进行基因分型并探讨不同方法对HBV基因分型的效果进行比较, 建立较为客观精确的HBV基因分子分型方法和标准.

方法: 反映HBV-S区的型特异性的聚合酶链式反应-限制性酶切片断长度多态性(polymerase chain reaction- restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP)方法进行基因分型; 依据HBV-S区的型特异性的PCR扩增片段大小直接进行分型; 通过对NCBI数据库中共计220个条目已确认B、C、D型的HBV-S基因DNA序列的同源性比对, 构建一个以HBV的S区DNA序列分子进化树为基础的基因分型标准. 对待检样品S区的PCR产物进行DNA测序并与标准进化树的DNA序列进行比对并重新构建进化树而进行HBV基因分型.

结果: 在共计216例乙型肝炎检测"大三阳"(乙型肝炎两对半检查中, HBsAg、HBeAg和HBcAb均为阳性)样品中, 第1种分型方法鉴定出: B型155例、C型41例、D型7例, 尚有13例不能确定是C型还是D型. 进一步经第2种分型方法确认其中10例未分型的均为C型, 余3例不能确定是C型还是D型. 经测序、比对及构建分子进化树, 测序的30例中与PCR-RFLP分型特别是亚型的结论多不相同. 并且首次在国内发现3例HBV-G型(为广西壮族和瑶族男性).

结论: 3种方法比较各有优劣. PCR-RFLP法较为精细可以分到亚型, 但该法的缺陷是不能区分C2型和D2型. 根据PCR片段直接分型法较为快捷简便, 但引物特异性不高, 分型不准确. 将待检HBV-S基因DNA序列导入标准进化树的分型方法较为准确客观, 是HBV基因分型的"金标准". 但针对HBV的普遍变异和种群异质性, 需要建立HBV-S的蛋白分型标准.

Keywords: 乙型肝炎病毒基因分型; PCR-RFLP; 进化树

核心提示: 为选择合适乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)基因分型方法, 分别用针对HBV-S区基因的聚合酶链式反应-限制性酶切片断长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)法、型特异性PCR片段直接法和DNA测序结合标准进化树法进行基因分型. 因HBV的普遍变异和种群异质性, 需建立HBV-S的蛋白分型标准. 以期确立客观、精确、简便的HBV分型方法.