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世界华人消化杂志. 2013-09-18; 21(26): 2717-2723
Published online 2013-09-18. doi: 10.11569/wcjd.v21.i26.2717
Published online 2013-09-18. doi: 10.11569/wcjd.v21.i26.2717
胃癌弱差异基因表达谱建立的生物学意义
孙伟, 龙启福, 朱德锐, 顾存林, 安娟, 党国全, 吴穹, 青海大学医学院基础医学部 青海省西宁市 810016
高芳, 青海大学附属医院重症ICU科 青海省西宁市 810001
王晓龙, 青海大学附属医院胃肠肿瘤外科 青海省西宁市 810001
孙伟, 博士, 主要从事肿瘤的基础与临床研究.
基金项目: 青海大学医学院中青年教师科研基金资助项目, No. 2012-KYT-03.
作者贡献分布: 孙伟与高芳对此文所作贡献均等; 课题由孙伟设计; 研究过程由孙伟、高芳、龙启福、王晓龙、朱德锐、顾存林、安娟、党国全及吴穹操作完成; 研究所用试剂与分析工具由孙伟提供; 数据分析由高芳完成; 本论文写作由孙伟、高芳及龙启福完成.
通讯作者: 孙伟, 讲师, 810016, 青海省西宁市城北区宁张路97号, 青海大学医学院基础医学部生物化学与分子生物学实验室. sw3583425@163.com
电话: 0971-6144524
收稿日期: 2013-08-07
修回日期: 2013-08-27
接受日期: 2013-09-09
在线出版日期: 2013-09-18
修回日期: 2013-08-27
接受日期: 2013-09-09
在线出版日期: 2013-09-18
Abstract
目的: 明确用基因表达水平的贝叶斯分析(Bayesian analysis of gene expression levels, BAGEL)所建立的胃癌弱差异基因表达谱(fold change<1.5)的特异性及生物学意义.
方法: Cluster3.0聚类分析基因DNA甲基转移酶3A[DNA(cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha, DNMT3A]、发育分化增强因子2 (development and differentiation-enhancing factor 2, DDEF2)、分化群59(cluster of differentiation 59, CD59)的表达; 机器学习和模式识别技术对弱差异基因表达谱(fold change<1.5, P<0.001)进行特征提取; GoMiner软件分析弱差异表达基因DNMT3A、DDEF2、CD59的生物学功能; RT-PCR在实验室验证弱差异表达基因DNMT3A、DDEF2、CD59在胃癌及癌旁配对组织中mRNA的表达水平.
结果: 从弱差异基因表达谱中得到能够识别样本类别的62个分类特征基因和4个分类能力较强的基因; GoMiner分析表明这组基因参与细胞黏附、细胞吞噬、免疫调节、基因甲基化、转录调控等重要生物学作用; RT-PCR确定基因表达变化与芯片中基因表达谱的数据一致, 证实了弱差异基因表达谱的可靠性和灵敏性.
结论: 通过BAGEL分析得到的fold change<1.5的弱差异基因表达谱灵敏可靠, 在肿瘤发生发展中关系密切.
Keywords: 胃癌; 基因表达谱; CD59; DDEF2; DNMT3A
核心提示: BAGEL统计学方法建立的弱差异表达基因谱灵敏可靠, 弱差异表达基因与胃癌关系密切, 为胃癌特征基因的筛选提供了新的思路.