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世界华人消化杂志. 2013-06-08; 21(16): 1533-1538
Published online 2013-06-08. doi: 10.11569/wcjd.v21.i16.1533
Published online 2013-06-08. doi: 10.11569/wcjd.v21.i16.1533
转录因子在食管鳞癌基因表达中的调控作用
吴耀松, 陈玉龙, 尹素改, 王慧慧, 河南中医学院 河南省郑州市 450008
吴耀松, 主要从事肿瘤分子生物学的研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 81173177; 河南省教育厅自然科学基金资助项目, No. 2010B360004; 河南中医学院科技创新人才基金资助项目, No. 2010XCXRC02.
作者贡献分布: 吴耀松与陈玉龙对此文所作贡献均等; 课题由陈玉龙设计; 资料收集与数据分析由吴耀松、尹素改及王慧慧完成; 论文撰写由陈玉龙与吴耀松完成.
通讯作者: 陈玉龙, 副教授, 450008, 河南省郑州市金水路1号，河南中医学院分子生物实验中心. cyl72621@163.com
收稿日期: 2013-03-20
修回日期: 2013-04-20
接受日期: 2013-04-27
在线出版日期: 2013-06-08
修回日期: 2013-04-20
接受日期: 2013-04-27
在线出版日期: 2013-06-08
Abstract
目的: 研究食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)中转录因子的调控作用.
方法: 从GEO下载两个基因数据集, 利用BRB-ArrayTool分析食管癌细胞和正常细胞之间差异基因表达. 从差异表达基因中富集出转录因子, 根据转录因子目的基因、结合蛋白和差异基因的相互作用来分析其调控作用.
结果: 根据463个差异表达基因富集了8个转录因子, 差异基因中含此8个转录因子的110个调控基因, 包括靶基因、和靶基因相互作用基因及其上游的酶基因. 这些基因参与了许多的生物过程, 如细胞周期、有丝分裂、细胞分离、细胞转移、DNA的损伤反应和DNA的修复. 其中37个基因参与了KEGG信号通路, 包括癌化途径、黏着斑、细胞周期、细胞外基质受体相互作用、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、P53信号通路和脂肪酸代谢通路等. 这110个基因和463个差异表达基因参与的信号通路没有明显的差异. 这110个基因相互作用, 形成有110个节点和316条边组成分子网路.
结论: 在ESCC中, 8个转录因子通过调控其靶基因和相互作用基因而发挥重要作用, 其调控基因组成一个复杂的相互作用分子网络.
Keywords: 转录因子; 基因芯片; 食管癌; 分子网络
核心提示: 分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma)细胞和正常细胞之间463个差异基因表达, 富集了8个转录因子及110个调控基因, 这些基因参与了许多的重要生物过程, 形成有110个节点和316条边组成分子网路.