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世界华人消化杂志. 2013-05-08; 21(13): 1250-1255
Published online 2013-05-08. doi: 10.11569/wcjd.v21.i13.1250
Published online 2013-05-08. doi: 10.11569/wcjd.v21.i13.1250
正常胃黏膜菌群特征分析2例
王莉莉, 董开芯, 于新娟, 贾盛佼, 董全江, 青岛大学医学院附属青岛市市立医院消化内科及中心实验室 青岛市消化病重点实验室 山东省青岛市 266011
周建华, 青岛大学医学院附属青岛市市立医院口腔医学中心 山东省青岛市 266011
王莉莉, 硕士, 主治医师, 主要从事胃肠道菌群方面研究.
作者贡献分布: 王莉莉、董开芯、周建华、于新娟、贾盛佼及董全江对本文均有贡献; 此课题由王莉莉与董全江设计; 研究过程由王莉莉、董开芯及周建华完成; 生物信息学分析由于新娟与贾盛佼共同完成; 本论文写作由王莉莉、董全江及周建华共同完成.
通讯作者: 董全江, 教授, 主任医师, 266011, 山东省青岛市东海中路5号, 青岛大学医学院附属青岛市市立医院消化内科及中心实验室, 青岛市消化病重点实验室. jiangacer@126.com
电话: 0532-88905289
收稿日期: 2013-01-30
修回日期: 2013-03-10
接受日期: 2013-04-15
在线出版日期: 2013-05-08
修回日期: 2013-03-10
接受日期: 2013-04-15
在线出版日期: 2013-05-08
Abstract
目的: 分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.
方法: 收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜, 提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA, 进行二代454焦磷酸测序. 测序数据应用操作单元(operational taxonomic units, OTU)聚类分析、多样性分析和分类学分析等生物信息技术分析胃黏膜菌群的结构、多样性和丰度.
结果: 患者A和B胃黏膜菌群的高通量测序分析分别得到20565条和17487条优化序列, 测序覆盖深度>0.98. 经过97%相似度归并后分别得到638个OTUs和667个OTUs; 菌群多样性分析显示正常胃黏膜菌群的chao指数和shannon指数均低于粪便菌群. 患者A的胃黏膜菌群由58个属的细菌构成, 归属于14个门, 以变形菌门为主(99.49%), 其次为放线菌门、硬壁菌门和拟杆菌门等. 患者B胃黏膜菌群构成与患者A相似, 由64个属的细菌构成, 归属于19个门. 粘质沙雷(氏)菌为正常胃黏膜菌群的优势主导菌.
结论: 正常胃黏膜菌群多样性丰富, 以变形菌门为主, 沙雷(氏)菌为优势主导菌.
Keywords: 胃菌群; 454焦磷酸测序; 变形菌门; 沙雷(氏)菌属
核心提示: 本研究运用高通量测序技术和生物信息学分析方法, 对两例胃黏膜组织学正常个体的胃菌群的结构、丰度、组成进行了分析. 结果发现正常胃黏膜菌群的丰度低于肠道菌群, 但具有高度的多样性. 胃菌群的组成以变形菌门为主, 沙雷(氏)菌属为优势主导菌, 这为研究胃黏膜菌群在慢性胃病发生中的作用奠定了基础.