临床研究
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世界华人消化杂志. 2012-04-28; 20(12): 1012-1017
Published online 2012-04-28. doi: 10.11569/wcjd.v20.i12.1012
生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选
王云, 胡艳玲, 曹骥, 何敏
王云, 广西医科大学研究生学院 广西壮族自治区南宁市 530021
胡艳玲, 何敏, 广西医科大学医学科学实验中心 广西壮族自治区南宁市 530021
曹骥, 广西壮族自治区肿瘤防治研究所实验研究部 广西壮族自治区南宁市 530021
王云, 在读博士, 讲师, 主要从事统计基因组和生物信息学研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, Nos. 30960332, 30960428; 广西科学研究与技术开发计划基金资助项目, Nos. 桂科能0842009, 桂科攻0993003C-13; 广西医科大学医学科学实验中心开放基金资助项目, No. KFJJ2010-45.
作者贡献分布: 此课题由曹骥与何敏设计; 数据收集、分析由王云与胡艳玲完成; 本文章撰写由王云完成; 课题指导、文章修改和审阅由何敏完成.
通讯作者: 何敏, 教授, 530021, 广西壮族自治区南宁市双拥路22号, 广西医科大学医学科学实验中心. m_h_m868@sina.com
电话: 0771-5358634
收稿日期: 2011-11-25
修回日期: 2012-01-29
接受日期: 2012-03-15
在线出版日期: 2012-04-28
Abstract

目的: 研究应用生物信息学技术, 对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析, 筛选出人类和小鼠不同种属间在肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因.

方法: 首先通过文献检索和收集, 在GEO数据库中下载符合纳入标准的9套样本基因芯片数据, 运用bioconductor和Rversion的2.10.1版本对已下载数据进行标准化处理, 运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换; 其次使用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性, DAVID进行探针基因名称转换, 建立基因名称与样本对应的表达数据表; 再进行Meta分析计算人类及小鼠的共同差显基因, 并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路.

结果: 人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同表达基因52个, 其中5个为上调基因, 4个为下调基因; 富集出7条通路, 其中甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸代谢通路和轴突引导通路是文献已报道的与肝癌发生发展密切相关通路.

结论: 通过生物信息学可快速筛选出人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同关键基因及与肝癌发生发展密切相关通路.

Keywords: 生物信息学; 肝癌; 跨种属; 相关基因; 筛选