基础研究
Copyright ©The Author(s) 2009. Published by Baishideng Publishing Group Inc. All rights reserved.
世界华人消化杂志. 2009-06-08; 17(16): 1626-1631
Published online 2009-06-08. doi: 10.11569/wcjd.v17.i16.1626
基于生物信息学的植物乳酸杆菌表层黏附蛋白的筛选及鉴定
沈通一, 张明, 周玉坤, 陈红旗, 张鹏, 杭晓敏, 秦环龙
沈通一, 张明, 周玉坤, 陈红旗, 张鹏, 杭晓敏, 秦环龙, 上海交通大学附属第六人民医院外科 上海市 200233
杭晓敏, 上海交通大学昂立微生物研究所 上海市 200233
沈通一, 主治医师, 医学博士, 主要从事外科营养和肠道微生态的研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 30672044.
作者贡献分布: 沈通一与秦环龙对此文作贡献均等; 此课题由沈通一与秦环龙设计; 研究过程由沈通一、张明、周玉坤、陈红旗及张鹏操作完成; 研究所用新试剂及分析工具由沈通一提供; 数据分析由沈通一完成; 本论文写作由沈通一与秦环龙完成.
通讯作者: 秦环龙, 教授, 200233, 上海市宜山路600号, 上海交通大学附属第六人民医院普外科. hlqin@sjtu.edu.cn
电话: 021-64361349 传真: 021-64368920
收稿日期: 2009-03-24
修回日期: 2009-04-23
接受日期: 2009-05-11
在线出版日期: 2009-06-08
Abstract

目的: 筛选、鉴定及验证植物乳酸杆菌CGMCC No. 1258表层黏附蛋白.

方法: 用盐酸胍结合超速离心法提取表层膜蛋白, 通过HRP标记的黏蛋白作抗体Western blot找到含有黏附蛋白的条带进行质谱分析, 生物信息学的TPP软件分析获得可能的蛋白, 进行蛋白的分段表达克隆, 并对纯化的蛋白用Western blot进行再次鉴定找到靶蛋白. 同时将黏蛋白连接的sepharose 4B柱提取菌体黏附蛋白, 通过制备的靶蛋白多克隆抗体对菌体黏附蛋白作Western blot进一步验证.

结果: 表层蛋白提取后, 电泳及Western blot结果显示30-33 kDa处可及HRP标记的黏蛋白结合的阳性条带, 随后进行质谱及TPP分析获得的蛋白为: (1)A型GTP连接蛋白; (2)丙酮酸氧化酶; (3)细胞分裂激活蛋白; (4)整合膜蛋白; (5)后期能力蛋白. 并进行克隆表达及分段表达, 并在此后的Western blot鉴定中呈强阳性条带显示靶蛋白是整合膜蛋白的第2段. 在应用该靶蛋白制备的多克隆抗体进一步Western blot验证试验中发现同菌体黏附蛋白相作用的强阳性条带.

结论: 植物乳酸杆菌表层黏附蛋白为整合膜蛋白, 并且该蛋白的黏附区域位于其第2段氨基酸序列中.

Keywords: 植物乳酸杆菌; 表层黏附蛋白; 蛋白表达; 生物信息学