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抗胃癌抗体重链可变区序列分析及空间结构模拟
杨丽娟, 中国人民解放军总医院内分泌科 北京市 100853
侯颖春, 陕西师范大学生命科学学院 陕西省西安市 710062
药立波, 苏成芝, 中国人民解放军第四军医大学生物化学与分子生物学教研室 陕西省西安市 710032
作者贡献分布: 此课题由杨丽娟, 候颖春, 药立波, 苏成芝设计; 研究过程由杨丽娟, 候颖春操作完成; 数据分析由杨丽娟, 候颖春完成; 本论文写作由杨丽娟完成.
通讯作者: 杨丽娟, 100853, 北京市复兴路28号, 中国人民解放军总医院内分泌科. ljyang2828@163.com
电话: 010-66936234 传真: 010-68168917
收稿日期: 2007-10-25
修回日期: 2008-01-17
接受日期: 2008-01-24
在线出版日期: 2008-02-08
修回日期: 2008-01-17
接受日期: 2008-01-24
在线出版日期: 2008-02-08
Abstract
目的: 通过序列分析确定抗胃癌抗体重链可变区(VH)的一级结构, 并借助同源模建方法模拟其三级结构.
方法: 从抗人胃癌噬菌体抗体库中筛选出VH基因, 并进行序列测定、翻译和分析. 利用计算机辅助蛋白质空间模拟技术, 采用同源模建、力学优化合理模建VH的三维空间结构.
结果: 序列比对分析表明获得的VH序列符合鼠抗体可变区特征, 通过Kabat分析确定了FR、CDR; 合理搭建了抗体重链可变区的空间构象, 并通过分子力学优化获得了稳定的三维结构.
结论: 所测得的VH一级结构和构建的三维空间结构均有较高的可靠性, 为进一步的生物学实验奠定了基础.
Keywords: 胃癌; 计算机辅助分子模拟; 抗体可变区