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世界华人消化杂志. 2008-07-28; 16(21): 2333-2336
Published online 2008-07-28. doi: 10.11569/wcjd.v16.i21.2333
Published online 2008-07-28. doi: 10.11569/wcjd.v16.i21.2333
抗胃癌单链抗体可变区序列分析及空间结构模拟
杨丽娟, 中国人民解放军总医院内分泌科 北京市 100853
侯颖春, 陕西师范大学生命科学学院 陕西省西安市 710062
白玉杰, 浙江大学迪诺遗传与基因组医学研究中心 浙江省杭州市 310058
药立波, 苏成芝, 中国人民解放军第四军医大学生物化学与分子生物学教研室 陕西省西安市 710032
杨丽娟, 1997年中国人民解放军第四军医大学博士, 副主任医师, 副教授, 主要从事内科的基础和临床工作.
作者贡献分布: 此课题由杨丽娟, 侯颖春, 白玉杰, 药立波及苏成芝设计; 研究过程由杨丽娟, 侯颖春及白玉杰操作完成; 数据分析由杨丽娟与侯颖春完成; 本论文由杨丽娟写作完成.
通讯作者: 杨丽娟, 100853, 北京市复兴路28号, 中国人民解放军总医院内分泌科. ljyang2828@163.com
电话: 010-66936234 传真: 010-68168917
收稿日期: 2008-04-28
修回日期: 2008-05-21
接受日期: 2008-06-02
在线出版日期: 2008-07-28
修回日期: 2008-05-21
接受日期: 2008-06-02
在线出版日期: 2008-07-28
Abstract
目的: 考察抗人胃癌抗体可变区轻、重链序列, 选择合适的连接肽构建单链抗体, 并模拟其三级结构, 预测单链抗体结构与功能关系.
方法: 利用获得的源自抗人胃癌噬菌体抗体库中筛选出的抗体可变区轻、重链序列, 通过分析抗体轻重链可变区C-端、N-端结构特征, 选择合适的连接肽, 进而利用分子模拟原理构建单链抗体可变区的空间构象; 经过力学优化、动力学模拟确定其稳定的三维结构; 借助距离几何学、表观静电分布、溶液可及性表面积分析, 对单链抗体的结构特征及理化性质进行理论分析.
结果: 成功获得的单链抗体稳定构象, 除连接肽位置的1个氨基酸构象不合理之外, 其他位置构象合适. 轻链CDR1、CDR2以及重链CDR3溶液可及性表面积分布较强, 而轻链CDR3、重链CDR1、CDR2分布较弱. 重链CDR3区带有较强的负电性.
结论: 所构建的单链抗体三维空间结构具有较高的合理性和可靠性.
Keywords: 胃癌; 单链抗体; 力学优化; 动力学模拟; 溶液可及性表面积; 表观静电分布