基础研究
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世界华人消化杂志. 2007-06-18; 15(17): 1905-1913
Published online 2007-06-18. doi: 10.11569/wcjd.v15.i17.1905
HeLa细胞感染痢疾杆菌前后差异表达的新EST序列的电子延伸及验证
黄留玉, 史兆兴, 袁静, 胡福泉
黄留玉, 史兆兴, 袁静, 军事医学科学院疾病预防控制所 北京市 100071
胡福泉, 中国人民解放军第三军医大学基础医学部微生物学教研室 重庆市微生物工程实验室 重庆市 400038
黄留玉, 研究员, 博士生导师, 主要从事微生物功能基因组学研究.
通讯作者: 胡福泉, 400038, 中国人民解放军第三军医大学基础医学部微生物学教研室, 重庆市微生物工程实验室. hooququan@yahoo.com.cn
电话: 023-68752240
收稿日期: 2007-03-26
修回日期: 2007-04-01
接受日期: 2007-04-21
在线出版日期: 2007-06-18
Abstract

目的: 研究痢疾杆菌福氏2a入侵前和入侵后3 h的人上皮细胞差异表达的新基因.

方法: 采用增毒的痢疾杆菌福氏2a 2457T侵袭HeLa细胞, 检查HeLa细胞中细菌的数量并用RT-PCR方法从HeLa细胞中提取总RNA, 制备探针. 采用含有约3000个代表新基因的芯片进行芯片杂交, 分析杂交结果. 将所获得的新的156条EST序列为种子序列用cDNA微阵列实验, 以人类EST数据库为基础库, 应用SiClone软件进行EST拼接、校对并尽可能延长获得大片段或全长cDNA. 选取基因组未注释的编码区序列作为新基因进行RT-PCR实验验证.

结果: 共鉴定到≥3倍或≤0.33的差异表达的代表新基因的EST序列45条, 其中25个延伸序列鉴定为与重要的肠道功能相关的已知基因, 并有3个在痢疾杆菌侵袭期间高表达的存在显著差异的新EST序列, 他们分别名为: NPCCKH12、ADBCSB02和HTBAMG05, 这3个基因是新的人基因或假基因.

结论: 鉴定出了在HeLa细胞感染痢疾杆菌前后差异表达的新EST序列, 为进一步研究痢疾杆菌与寄主相互作用奠定了基础.

Keywords: 痢疾杆菌福氏2a; 表达序列标签; cDNA微阵列; 电子延伸; 反转录聚合酶链反应; 基因鉴定