基础研究
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世界华人消化杂志. 2006-02-28; 14(6): 581-587
Published online 2006-02-28. doi: 10.11569/wcjd.v14.i6.581
HCV p7蛋白反式调节基因p7TP2的克隆化及生物信息学分析
袁菊, 郭江, 成军, 陶明亮, 蓝贤勇, 洪源, 靳亚平, 毛羽
袁菊, 郭江, 成军, 陶明亮, 蓝贤勇, 洪源, 毛羽, 北京地坛医院传染病研究所 北京市 100011
袁菊, 陶明亮, 蓝贤勇, 靳亚平, 西北农林科技大学动物科技学院 陕西省杨陵区 712100
袁菊, 西北农林科技大学2004级硕士生, 主要研究方向动物生殖内分泌学.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 30371288; 国家重点基础研究973项目, No. 2004CB518908.
通讯作者: 成军, 100011, 北京市东城区安外大街地坛公园13号, 北京地坛医院传染病研究所. cj@genetherapy.com.cn
电话: 010-64481639 传真: 010-64281540
收稿日期: 2005-12-09
修回日期: 2006-01-09
接受日期: 2006-01-14
在线出版日期: 2006-02-28
Abstract

目的: 克隆HCV p7蛋白反式调节未知功能新基因p7TP2, 构建其真核表达载体, 并应用生物信息学初步探讨其结构及功能.

方法: 应用PCR技术从HepG2细胞提取的cDNA扩增p7TP2基因, 选用pGEM-T载体进行TA克隆, 通过PCR, 限制性酶切分析及测序进行鉴定, 再将其亚克隆到真核表达载体pcDNATM3.1/myc-His A, 通过PCR, 限制酶切分析进行鉴定, 并应用生物信息学初步分析其物理化学性质、蛋白质结构域、功能及染色体定位.

结果: 成功从HepG2细胞提取的cDNA中扩增出p7TP2基因, 编码区为495核苷酸(nt), 编码产物为164氨基酸残基(aa), 经核苷酸序列数据库(GenBank)同源序列的搜寻, 与已知基因序列和蛋白序列之间没有显著同源性, 属于未知功能新基因, 并成功进行TA克隆, 酶切、测序均正确, 并进一步亚克隆至pcDNATM3.1/myc-His A真核表达载体, 生物信息学分析此基因位于8q24.3,Mr17 146.5, 理论pI: 9.26, 半衰期为30 h(体外哺乳类网状细胞), 属于不稳定蛋白, 疏水指数较高, 含有潜在的三个螺旋区域, 四个β折叠, 四个蛋白激酶C磷酸化位点, 一个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点, 5个N-肉豆蔻酰位点, 预测可能为具有不紧密的球蛋白结构, 具有信号肽及两个跨膜结构域.

结论: 发现了HCV p7反式调节新的靶基因, 构建了pcDNATM3.1/myc-His A真核表达载体.

Keywords: HCV p7蛋白; 反式调节基因; 克隆化; 生物信息学分析