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应用MS-RDA筛选胃癌甲基化差异片段
廖爱军, 南华大学肿瘤研究所, 南华大学附属第一医院消化内科 湖南省衡阳市 421001
苏琦, 南华大学肿瘤研究所 湖南省衡阳市 421001
王珣, 曾斌, 石巍, 南华大学附属第一医院消化内科 湖南省衡阳市 421001
廖爱军, 女, 1964-08-08生, 湖南省宁乡县人, 汉族, 2004年南华大学肿瘤研究所病理学博士生, 教授, 主要从事胃癌病因、发病机制及防治的研究.
基金项目: 湖南省科研计划重大专项, No. 04SK1004; 湖南省教育厅科学研究资助项目, No. 99C195
通讯作者: 苏琦, 421001, 湖南省衡阳市, 南华大学肿瘤研究所. suqi1@hotmail.com
电话: 0734-8279064 传真: 0734－8281547
收稿日期: 2005-11-23
修回日期: 2005-11-24
接受日期: 2005-11-25
在线出版日期: 2006-02-08
修回日期: 2005-11-24
接受日期: 2005-11-25
在线出版日期: 2006-02-08
Abstract
目的: 应用甲基化敏感性代表性差异分析法(methylation-sensitive representational difference analysis, MS-RDA)筛选胃癌和正常胃组织间甲基化差异DNA片段.
方法: 通过MS-RDA筛选胃癌和正常胃组织间DNA甲基化差异片段, 经克隆、测序后进行生物信息学分析.
结果: 获得3个甲基化差异片段, 分别为CRS1308, CRS1309, CRS1310序列, 其中CRS1309和CRS1310已被GenBank收录, 登陆号分别为AY887106和AY887107, CRS1309序列与LOC440683基因第11外显子、LOC440887基因的3'端, DRD5基因启动子和外显子区域均有很高的相似性(分别为98%, 99%, 94%), CRS1310序列与1999年Minoru Toyota在人类结肠癌中分离出的核糖体RNA上的甲基化差异性CpG岛有很高的相似性(98%).
结论: 胃癌和正常胃组织间DNA甲基化存在差异, MS-RDA可有效分析这两种不同组织间甲基化的差异, 筛选出有意义的甲基化差异片段.
Keywords: 胃癌; DNA甲基化; 差异片段; MS-RDA