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毛细管电泳法检测肝细胞癌微卫星不稳定性的影响因素
冼志红, 丛文铭, 张树辉, 中国人民解放军第二军医大学东方肝胆外科医院病理科 上海市 200438
冼志红, 女, 1973-03-01生, 江苏省盱眙县人, 汉族, 2001-07大学本科毕业, 主管技师.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目 , No. 30370645 ; 上海市卫生系统百名优秀跨世纪学科带头人培养计划资助项目 , No. 98BR007 .
通讯作者: 丛文铭, 200438, 上海市, 中国人民解放军第二军医大学东方肝胆外科医院病理科. wmcong@smmu.edu.cn
电话: 021-25070860 传真: 021-25070854
收稿日期: 2004-03-19
修回日期: 2004-04-01
接受日期: 2004-04-20
在线出版日期: 2004-08-15
修回日期: 2004-04-01
接受日期: 2004-04-20
在线出版日期: 2004-08-15
Abstract
目的: 探索适用于肝癌大规模基因组扫描的自动化微卫星不稳定性基因分型实验方法.
方法: 应用6对高度多态性微卫星标记物对56例肝细胞癌基因组进行PCR扩增, 产物通过MegaBACE 500毛细管电泳测序仪进行电泳, 采用Genetic Profiler软件进行基因分型, 摸索不同PCR条件以及PCR体系残留混合物对分型结果的影响.
结果: 通过1次PCR和电泳能得到48个样品的分型结果, 常见的等位基因表型包括杂合子、纯合子、杂合子丢失、微卫星不稳定性和等位基因失衡等几种模式, 其中微卫星不稳定性基因表型呈多种特征; MSI的频率为32.1%(18/56), 10例(18.2%)出现高频MSI; PCR反应体系残留混合物(dNTP、引物和盐离子的浓度等)对基因分型的结果有明显不利影响, 可使等位基因片段大小分析结分错误导致结论错误; 样品浓度对分析结分影响较小, 在50 mg/L时比较合适.
结论: 少数肝细胞癌存在MSI, 表明其在HCC发生中作用较小. 应用MegaBACE 500毛细管电泳测序仪和Genetic Profiler分析软件进行微卫星基因组扫描效率高, 结果可靠, 但测序体系中必须维持最佳盐离子的浓度和样品浓度.
Keywords: N/A