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乙型肝炎病毒基因组中前-前-S区编码基因的界定
董菁, 成军, 中国人民解放军第302医院传染病研究所基因治疗研究中心、全军病毒性肝炎防治研究重点实验室 北京市 100039
董菁, 男, 1969-02-07生, 河北省徐水县人, 汉族, 博士, 1993年第四军医大学毕业, 主治医师. 主要从事乙型肝炎病毒分子生物学与病毒性肝炎治疗的研究. 发表论文25篇, 参编专著4部, 获军队科技进步奖1次.
基金项目: 国家自然科学基金攻关项目 , No. C03011402, No. C30070689, 军队"九、五"科技攻关项目, No.98D063, 军队回国留学人员启动基金项目, No. 98H038, 军队"十、五"科技攻关青年基金项目, No. 01Q138, 军队"十、五"科技攻关面上项目, No.01MB135 .
通讯作者: 成军, 100039, 北京市西四环中路100号, 中国人民解放军第302医院传染病研究所基因治疗研究中心、全军病毒性肝炎防治研究重点实验室. cj@genetherapy.com.cn
电话: 010-66933391 传真: 010-63801283
收稿日期: 2003-03-08
修回日期: 2003-03-20
接受日期: 2003-04-16
在线出版日期: 2003-08-15
修回日期: 2003-03-20
接受日期: 2003-04-16
在线出版日期: 2003-08-15
Abstract
目的
乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠, 是基因组序列高度集中利用的一个典型. 早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF), 本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较, 阐明基因组结构的特点, 并探索是否存在新型ORF的可能性.
方法
考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的精确度, 我们采用的技术是长距离且精确PCR(LA-PCR)技术, 根据中国HBV患者的病毒基因序列设计PCR扩增用引物, 自慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列, 克隆入pGEM Teasy质粒, 挑选克隆进行全基因组DNA测序, 与其他HBV基因组序列进行比较.
结果
测序结果5株HBV全基因组核苷酸序列存在一新的ORF, 定义为前-前-S区, 并发现该区之前存在一TA富集区, 提示存在新型启动子的可能性. 新界定的前-前-S区ORF编码氨基酸序列为MQLIITSKLGIIYILCGRLVFY IREKLHAVPHFVGHHILGNKSYS, 与前-S1、前-S2和表面抗原主蛋白编码基因框架一致表达.
结论
在HBV基因组中存在有一新的ORF, 命名为前-前-S区.
Keywords: N/A