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乙型肝炎病毒中国流行株全基因的克隆与序列分析
成军, 董菁, 洪源, 钟彦伟, 刘妍, 王刚, 王琳, 中国人民解放军第302医院传染病研究所基因治疗研究中心、全军病毒性肝炎防治研究重点实验室 北京市 100039
成军, 男, 1963-08-17生, 山东省淄博市人, 汉族. 1986年毕业于第一军医大学军医系, 获医学学士学位, 1989年毕业于军医进修学院, 获传染病学硕士学位, 1994年毕业于北京医科大学, 获传染病学博士学位, 1994-11-17/1997-12-01在美国得克萨斯大学健康科学中心临床免疫与传染病科完成博士后研究. 回国后从事传染病特别是病毒性肝炎的临床工作和基础研究, 主要学术研究方向是肝炎病毒与肝细胞相互作用的分子生物学机制, 出版专著5部, 发表论文及综述300篇. 现任中华医学会传染病与寄生虫病学会副主任委员、中华医学会热带病与寄生虫病学会全国常委、全军医学科学技术委员会传染病与寄生虫病学会委员.
基金项目: 家自然科学基金攻关项目 , No. C03011402, No. C30070689, 军队"九、五"科技攻关项目, No.98D063, 军队回国留学人员启动基金项目, No. 98H038, 军队"十、五"科技攻关青年基金项目, No. 01Q138, 军队"十、五"科技攻关面上项目, No.01MB135 .
通讯作者: 成军, 100039, 北京市西四环中路100号, 中国人民解放军第302医院传染病研究所基因治疗研究中心、全军病毒性肝炎防治研究重点实验室. cj@genetherapy.com.cn
电话: 010-66933391 传真: 010-63801283
收稿日期: 2003-03-08
修回日期: 2003-03-20
接受日期: 2003-04-16
在线出版日期: 2003-08-15
修回日期: 2003-03-20
接受日期: 2003-04-16
在线出版日期: 2003-08-15
Abstract
目的
从中国慢性乙型肝炎患者的血清中, 应用长距离多聚酶链反应技术(L-PCR)技术扩增、克隆乙型肝炎病毒(HBV)的全基因组序列, 建立中国HBV流行株的参考标准序列.
方法
从2例慢性乙型病毒性肝炎患者血清提取DNA, 以L-PCR技术对于3200 bp的HBV DNA进行扩增, 纯化后克隆到TA载体中进行序列分析. 对于HBV DNA的各个编码基因区进行分析.
结果
克隆获得的5个HBV DNA全基因序列分别为G376-A6、G376-A7、G683-A1、G683-A2和G683-A3, 全基因序列长度分别为3125、3215、3213、3182和3 215碱基对(bp), 在GenBank中的注册号分别为AF384372、AF384371、AF363963、AF363962和AF363961. 其中G376-A6、G376-A7来源于同一个患者, G683-A1、G683-A2、G683-A3来源于另一个患者. G376-A6、G683-A2两株病毒在前-S1区存在缺失突变区. 其中G683-A2的羧基末端区存在缺失突变. 来源于不同患者的e/核心抗原蛋白质一级结构序列没有显著的差别, 但来源于同一个患者的HBV基因序列有着明显的同源性. G376-A6、G683-A2两株病毒存在多聚酶蛋白区的缺失突变, 但不在多聚酶蛋白的活性结构区, 因此考虑这种形式的突变尚不会影响到多聚酶的活性. G683-A3株病毒的多聚酶在其羧基末端存在较长的缺失突变区, 使其多聚酶区结构被破坏. 5株病毒的X蛋白的一级结构序列比较的结果说明其高度保守. 但是相对来讲, X蛋白的氨基末端更为保守, 羧基末端序列有一定程度的变异.
结论
克隆了HBV DNA中国株的全基因序列, 可以作为研究中HBV流行株的参考序列.
Keywords: N/A