幽门螺杆菌上皮接触诱导基因iceA1的克隆及序列特征

表1 H. pylori菌株iceA1引物及扩增产物长度

基因	引物名称	核苷酸序列(5'-3')	PCR产物大小(bp)
iceA1	iceA1F	AATGCGGTGGTGCT- TTCAGAT	472
	iceA1R	TTTGAGTGTTTTCAG- AGTTGCCGTG

表2 镇江地区iceA1序列分析

菌株标号	疾病来源	框内缺失
		780del6	809del5	914del7
S49	CSG	+	+	+
S9	CAG	_	+	_
S26	CAG	_	_	_
S10	DU	_	_	_
S16	DU	_	+	+
S47	DU	_	+	_
S61	DU	_	+	_
S65	DU	+	+	+
Z48	DU	+	+	+
S17	GC	_	+	_
S24	GC	_	+	_
W158	GC	_	+	_
60190		_	_	_

CSG: 慢性浅表性胃炎; CAG: 慢性萎缩性胃炎; DU: 十二指肠溃疡; GC: 胃癌.

表3 iceA1缺失突变及两端的核苷酸序列

缺失位置b	菌株	核苷酸序列a	缺失突变两端的重复序列	阳性缺失株数量(%)
780del6	60190	AGAATTTAATTTGGAGTTT	AGAATTT或AATTT	3/12(25.0)
	S26	AGAATTTGAATTAGAATTT
	S49	AGAATT----------- AGAATTT
809del5	60190	AAACTCTAGGAAATTCTA	AAAYTCTA	10/12(83.3)
	S26	AAACTCTAGGAAATTCTA
	S49	AAACTC----------AATTCTA
914del7	60190	GTGTGGTGTGCGTGGC	GTGCR或GTGTGS	4/12(33.3)
	S26	GTGCGGTGTGCACGGC
	S49	GTGCG---------------TGGC

^a核苷酸序列对应的是标准菌株60190 iceA1的开放读码框和它的上游序列(GenBank登录号: U43917); del代表缺失;

^b标准菌株60190和菌株S26分别代表西方菌株和镇江菌株, 菌株S26和S49分别代表携带不同突变位点的镇江菌株, 下划线部分的核苷酸序列标明的是同向重复序列(其中914del7含重叠部分), Y代表T或者C, R代表G或者A, S代表G或者C.