铁死亡相关的mRNAs特征预测胃癌预后的分析

图1 TCGA队列中铁死亡相关基因的筛选. A: 识别与生存相关的胃癌和癌旁组织之间差异表达基因的维恩图; B: 森林图显示了具有预后价值的铁死亡相关DEGs单变量cox回归分析的结果; C: 具有预后价值的铁死亡相关DEGs的相关网络, 相关系数用不同的颜色表示. DEGs: 差异表达基因.

图2 Lasso回归构建预后相关模型. A: Lasso筛选变量动态过程图; B: 交叉验证参数λ的选择过程图.

图3 4个胃癌铁死亡相关mRNA预后模型. A: 风险评分分布曲线图; B: 胃癌患者生存状态的分布散点图; C: 胃癌患者的PCA图; D: 胃癌患者的t-SNE分析图. PCA: 主成分分析法; t-SNE: t-分布领域嵌入算法.

图4 4个胃癌铁死亡相关mRNA预后模型特征. A: 不同风险评分胃癌患者的生存曲线; B: 不同临床指标以及预后风险值的时间依赖性ROC曲线以及AUC值. ROC: 受试者工作特征曲线; AUC: 曲线下的面积.

图5 不同临床特征中胃癌患者的生存曲线. A: 年轻患者组的Kaplan-Meier生存曲线; B: 老年患者组的Kaplan-Meier生存曲线; C: 女性组的Kaplan-Meier生存曲线; D: 男性组的Kaplan-Meier生存曲线; E: 低级别患者组的Kaplan-Meier生存曲线; F: 高级别患者组的Kaplan-Meier生存曲线; G: 早期患者组的Kaplan-Meier生存曲线; H: 晚期患者组的Kaplan-Meier生存曲线.

图6 免疫细胞亚群、相关功能的关系. A: ssGSEA相关免疫细胞的表达; B: 免疫相关功能的表达. ^aP<0.05, ^bP<0.01, ^cP<0.001, 与低危组比较. aDCs: 抗原呈递过程中像成熟树突状细胞; B cells: B细胞; CD8+ T cells: CD8+T细胞; DCs: 树突状细胞; iDCs: 未成熟树突状细胞; Macrophages: 巨噬细胞; Mast cells: 肥大细胞; Neutrophils: 中性粒细胞; NK cells: NK细胞; pDCs: 浆细胞样树突状细胞; T helper cells: 辅助性T细胞; Tfh: 滤泡辅助性T细胞; Th1 cells: Th1 细胞; Th2 cells: Th2 细胞; TIL: 肿瘤浸润淋巴细胞; Treg: 调节性T细胞; APC co inhibition: 抗原提呈细胞共抑制; APC co stimulation: 抗原提呈细胞共刺激; CCR: 细胞因子-细胞因子受体; Check point: 检查点; Cytolytic activity: 细胞溶解活性; HLA: 人类白细胞抗原; Inflamation promoting: 炎症促进; MHC class Ⅰ: 主要组织相容性复合体Ⅰ; Parainflamation: 副炎症; T cell co inhibition: T细胞共抑制; T cell co stimulation: T细胞共刺激; Type I IFN Reponse: Ⅰ型干扰素反应; TypeⅡIFN Reponse: Ⅱ型干扰素反应.

图7 高危组与低危组免疫检查点的表达. ^aP<0.05, ^bP<0.01, ^cP<0.001, 与低危组比较. HAVCR2: 甲型肝炎病毒细胞受体2; CD40LG: CD40配体基因; BTNL2: 嗜乳脂蛋白样2; TNFRSF9: 肿瘤坏死因子受体超家族成员9; TNFRSF9: 肿瘤坏死因子受体超家族成员14; ADORA2A: 腺苷A2a受体; TNFSF4: 肿瘤坏死因子超家族第4成员; LAIR1: 人白细胞相关免疫球蛋白样受体1; TNFSF14: 肿瘤坏死因子超家族成员14; CD200R1: CD200受体1; PDCD1LG2: 程序性死亡分子1配体2; KIR3DL1: 杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因单体分型模式3; TNFRSF4: 肿瘤坏死因子受体超家族成员4; LGALS9: 可溶性半乳糖苷结合凝集素9; TNFRSF8: 肿瘤坏死因子受体超家族成员8; PDCD1: 程序性细胞死亡蛋白1; IDO2: 吲哚胺2,3-双加氧酶2; CTLA4: 细胞毒T淋巴细胞相关抗原4; TNFRSF25: 肿瘤坏死因子受体超家族成员25; TIGIT: 含T细胞免疫球蛋白和ITIM 结构域蛋白; BTLA: B、T淋巴细胞衰减因子; NRP1: 神经纤毛蛋白1; ICOS: 可诱导共刺激分子; TMIGD2: 受体穿膜和免疫球蛋白结构域2; HHLA2: 人内源性逆转录病毒-H长末端重复关联蛋白2; TNFSF18: 肿瘤坏死因子超家族成员18; LAG3: 淋巴细胞活化基因3.

图8 GEO验证集的相关预后特征. A: 验证集中不同风险评分胃癌患者的生存曲线; B: 验证集中预后模型的1、2、3年生存的时间依赖性ROC曲线. ROC: 受试者工作特征曲线; AUC: 曲线下的面积.