基于RNA-Seq技术的跨种属跨病因肝癌差异表达基因的筛选

图1 人肝癌差异表达基因. A: 人肝癌、癌旁和人正常肝组织中表达的基因之间的相关性; B: 整体FPKM层次聚类图. 以log10(FPKM+1)值进行聚类, 红色表示高表达基因, 蓝色表示低表达基因. 颜色从红到蓝, 表示log10(FPKM+1)从大到小; C, D: 差异表达基因火山图. 红点: 筛选出的有统计学意义的差异表达上调基因, 绿点: 筛选出的有统计学意义的下调差异表达基因, 蓝点: 无显著统计学意义的差异表达基因; E: 与相应的人癌旁组织及人正常肝组织相比, 人肝癌差异表达基因. R²: Pearson相关系数. HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.

图2 树鼩肝癌差异表达基因. A: 树鼩肝癌、癌旁和树鼩正常肝组织中表达的基因之间的相关性; B: 整体FPKM层次聚类图. 以log10(FPKM+1)值进行聚类, 红色表示高表达基因, 蓝色表示低表达基因. 颜色从红到蓝, 表示log10(FPKM+1)从大到小; C-F: 差异表达基因火山图. 红点: 筛选出的有统计学意义的差异表达上调基因, 绿点: 筛选出的有统计学意义的下调差异表达基因, 蓝点: 无显著统计学意义的差异表达基因; G: 与相应的树鼩癌旁组织及树鼩正常肝组织相比, HBV树鼩肝癌差异表达基因; H: 与相应的树鼩癌旁组织及树鼩正常肝组织相比, AFB1树鼩肝癌差异表达基因; I: HBV和AFB1致癌的树鼩肝癌共同差异表达基因. R²: Pearson相关系数. HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.

图3 跨种属、跨病因的肝癌差异表达基因.