基于RNA-Seq技术的跨种属跨病因肝癌差异表达基因的筛选

表1 测序产出数据质量情况一览表

样品名称	Raw reads	Clean reads	Clean bases	错误率(%)	Q20(%)	Q30(%)	GC含量
HUC1	37206882	36445722	4.56G	0.01	97.46	93.69	50.49
HUC2	39980478	39286974	4.91G	0.01	97.23	93.17	51.93
HUC3	41432656	40844192	5.11G	0.01	97.34	93.36	49.73
HUP1	30008898	28825038	3.60G	0.02	96.02	90.74	51.36
HUP2	30599356	29416982	3.67G	0.02	95.66	89.83	52.33
HUP3	27131834	26121448	3.26G	0.02	96.07	90.79	50.29
HUNL1	31350434	30130374	3.76G	0.02	96.25	91.18	50.02
HUNL2	35092444	33942944	4.24G	0.02	96.33	91.29	48.28
HUNL3	40344662	38802132	4.84G	0.02	96.26	91.34	49.48
TSBC	25802062	24849984	3.10G	0.02	95.94	90.43	50.08
TSBP	30744812	29447898	3.67G	0.02	96.03	90.74	50.77
TSFC1	27993940	26848966	3.35G	0.02	95.89	90.40	49.62
TSFC2	31917292	30852496	3.85G	0.02	96.20	91.00	49.10
TSFC3	30277814	29078526	3.63G	0.02	95.75	90.02	51.59
TSFP1	28105204	26992530	3.37G	0.02	96.03	90.66	50.46
TSFP2	30496114	29218694	3.64G	0.02	96.10	90.81	50.88
TSFP3	27089406	26041320	3.25G	0.02	95.73	89.77	50.90
TSNL1	26407954	25418372	3.17G	0.02	96.02	90.66	49.41
TSNL2	28104302	26866832	3.35G	0.02	95.38	89.33	49.61
TSNL3	33759030	31788066	3.96G	0.02	96.24	91.28	52.30

HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.