Genomic imbalances in esophageal carcinoma cell lines involve Wnt pathway genes

Table 1 Composite karyotypes

Cell line	Composite combined cytogenetics and M-FISH karyotype
WHCO1	42~73, XY, +X, +X [4], +1 [10], del 1(?) [4], + der(1)t(1;14)(p11;q11) x2 [18], t(1;14;22)(?;?;q?) [4], t(1;22)(?;q?) [6], + 2 [8], t(2;8)(?;?) [4], +3 [8], +del 3(p21p13) x2 [4], der(3;22)(q10;q10) [4], -4 [8], t(5;21)(?;?) [8], + der(5)t(5;?)(q23;?) [4], + del(6)(q?21) x2 [4], t(6;12)(?q;?p) [16], t(6;13)(?q25;?q14) x2 [18], +7 [4], + del(7)(q21) [4], + der(7;14)(p10;q10) [20], der(7)t(7;18)(p21;q23) [16], der(7)t(7;19)(p22;p13) [4], der(8)t(8;?19)(q?24;q?11) [4], t(8;22)(?;?) [18], +9 [10], + der(10)t(9;10)(q13;q?11.2) [4], +11 [8], t(11;17;20)(?;?;?) [4], +12 [10], t(13;22)(?;?) [4], add(14)(q?) [4], i(14)(q10) [6], der(15;19)(q10;q10) [20], der(16)t(5;16)(?;?) [8], +18 [4], der(19)t(5;19)(p?12;q11) [12], der(19) t(5,19)(q33;q13.4) [18], + der(19)t(9;19)(q?13;q?13) x2 [4], t(19;21)(?;?) [14], +20, +20 [20], + der (20)t(1;11;20)(?;?;?) [4], +1~7mar [20] [cp20]
WHCO3	46~50, X, -Y, +2 [12], der(5)t(5;8,18)(q?;?;?) [20], + del 7(q22) [4], der(7)t(7;9)(?;?) [6], t(7;9;16;18)(?;?;?;?) [14], t(7;15)(?;?) [4], +12 [6], der(12)t(6;12)(?;?) [16], i(13)(q10) [6], t(13;14)(?;?) [6], t(13;14;20)(?;?;?) [6], +14 [12], + der(15)t(1;15)(q11;p11) [6], + der(15)t(1;15;11)(?;?;?) [10], der(15;22)(q10;q10) [20], i(15)(q10) [4], der(16)t(3;16;22)(p?11.2;?;q?10) [20], +17 [10], der(?20)t(9;13;20)(?;?;?) [10], der(21)t(13;21)(?;?) [12] [cp20]
WHCO51	99~108, XY, t(X;4;10.22)(?;?;?;q?) [14], t(1;19)(?;?) [8], t(1;18)(?;?) [6], del 2 [2], der(2)t(2;9)(q12;q13) [10], t(2;9)(?q31;?q34) [8], +der(3)t(1;3)(p11-12;q11) [12], t(3;11;13;22)(?;?;?;?) [8], t(3;11;22)(?;?;?) [16], t(3;22)(p11;q11) [12], der(5;20)(p10;p10) [4], t(6;13)(?;?) [4], del(7)(q31) [4]; t(8;14;18)(?;?;?) [16], t(8;18)(?;?) [10], der(9)t(9;14)(?;?) [16], t(9;15)(q?;q?) [10], t(9;19)(?;?) [6], t(12;19)(?;?) [4], i(13)(q10) [6], i(14)(q10) [8], der(15)t(Y;15)(?;?)[12], der(15)t(7;15)(?;?) x2 [14], i(15)(q10) [4], der(19)del(19)(q13.?2)t(5;19)(p?12;p11) [12], del(20)(q11.2) [12] [cp20]
WHCO6	44~54, Y, -X, der(1)t(1;8)(p11;q11) [14], t(3;10)(?;?) [4], t(3;10)(?q13.3;p10) [6], t(4;10)(?;?) [4], t(5;10)(?;?) [10], t(5;22)(?;q?) [4], +6 [2], del(6)(q?21) [4]; t(6;11)(p12;q13) [6], der(22)t(6;22)(?;?) [6], +7[7], del(7)(q31) [8]; +8 [8], t(9;15)(?;?) [10], t(10;14)(?;?) [6], -11 [6], t(11;22)(p?;q?) [6], +12 [10], i(13)(q10) [6]; i(14)(q10) [6], +16 [8], t(17;19)(?;?) [10], +18 [4], del(20)(q?11.2) [6]; -21 [12], t(21;22)(?;?) [6], der(22)t(6;22)(?;?) [6], [cp14]
SNO	29~43, XY, +X, del X(?) [14], der(Y;15)(q10;q10) [12], t(1;16)(?;?) [14], der(2)t(X;2)(?;?) [16], der(2)t(1;2)(?;?) [18], der(3)t(1;3)(p11-12;q11) [20], t(3;9)(?;?) [4], t(3;10)(?;?) [14], t(3;12)(?;?) [20], t(3;20)(?;?) [8], t(4;9;11)(?;?;?) [20], t(4;11)(?;?) [12], der(5)t(1;5)(?;?) [20], -6 [18], del(6)(q?23) [20], der(7)t(3;7)(?q25;p22) [18], t(7;20;11;8;2)(?;?;?;?;?) [18], der(8)t(2;8)(?;?) [14], t(8;18)(?;?) [8], -9 [10], t(9;18)(?;?) [4], t(10;22)(q?;q?) [12], t(11;13)(?;?)[8], t(12;15)(?;?)[8], t(12;21)(?;?)[20], t(13;11;20)(?;?;?) [14], der(14;22)(p10;q10) x2 [20], t(14;19)(?;?) [20], -16 [14], der(16)t(9;16)(q?22;q?13) [20], der(17)t(6;17)(?;?) [12], -18 [16], -19 [16], der(19)del(19)(q13.?2)t(5;19)(q?12;q10) [16], +20 [10], del(20)(q?12) [16]; der(20;21)(q10;p10) [6], -21 [18], -22 [20] [cp20]

¹Only structural rearrangements are listed due to the complexity of this cell line.