Restriction fragment length polymorphism of adhesin gene hpaA from different Helicobacter pylori strains of Chongqing, China

Table 1 Sequencing results of gene hpaA of 12 different H pylori strains.

	10	20	30	40	50	60	70
11637.SEQ	CCATGGGCAG	CCCGCATATT	ATTGAAACCA	ATGAAGTCGC	TTTGAAATTG	AATTACCATC	CAGCTAGCGA
CCS9801.SEQ	..........	.........C	..........	..........	......G...	..........	T.........
CCS9802.SEQ	..........	.........C	..........	..........	......G...	..........	T.........
CCS9803.SEQ	..........	..........	..........	..........	......G...	..........	..........
CCS9806.SEQ	..........	.........C	..........	..........	......G...	..........	T.........
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..........	..........	........A.	......G...	..........	..........
CCS9813.SEQ	..........	..........	..........	..........	......G...	..........	T.........
MG1.SEQ	..........	..........	..........	..........	......G...	..........	T.........
MG3.SEQ	..........	..........	..........	..........	......G...	..........	T.........
MG9.SEQ	..........	..........	..........	..........	......G...	..........	T.........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	80	90	100	110	120	130	140
11637.SEQ	GAAAGTTCAA	GCGTTAGATG	AAAAGATTTT	GCTTTTAAGG	CCAGCTTTCC	AATATAGCGA	TAATATCGCT
CCS9801.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
CCS9802.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
CCS9803.SEQ	..........	..........	..........	A.......A.	..A.....T.	....C.....	......T...
CCS9806.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..........	..........	A.......A.	..A.....T.	....C.....	......T...
CCS9813.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
MG1.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
MG3.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
MG9.SEQ	..........	..........	........C.	A.........	..G.....T.	....C.....	......T...
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	150	160	170	180	190	200	210
11637.SEQ	AAAGAGTATG	AAAACAAATT	CAAGAATCAA	ACCGCGCTCA	AGGTTGAACA	GATTTTGCAA	AATCAAGGCT
CCS9801.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
CCS9802.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
CCS9803.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
CCS9806.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	.....G....
CCS9813.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
MG1.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
MG3.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
MG9.SEQ	..........	..........	..........	.....A....	..........	..........	.....G....
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	220	230	240	250	260	270	280
11637.SEQ	ATAAGGTTAT	TAGCGTAGAT	AGCAGCGATA	AAGACGATTT	TTCTTTTGCA	CAAAAAAAAG	AAGGGTATTT
CCS9801.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
CCS9802.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
CCS9803.SEQ	..........	..AT......	..T.......	........C.	.........G	..........	..........
CCS9806.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	...........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
CCS9813.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
MG1.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
MG3.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
MG9.SEQ	..........	..AT......	..........	........C.	.........G	..........	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	290	300	310	320	330	340	350
11637.SEQ	GGCGGTTGCT	ATGAATGGCG	AAATTGTTTT	ACGCCCCGAT	CCTAAAAGGA	CCATACAGAA	AAAATCAGAA
CCS9801.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9802.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9803.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	G.........	..........	..........	..........
CCS9806.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	.........C	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
	10	20	30	40	50	60	70
CCS9813.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
MG1.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
MG3.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
MG9.SEQ	...C..C...	....G.....	..........	..........	..........	..........	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	360	370	380	390	400	410	420
11637.SEQ	CCCGGGTTAT	TATTCTCCAC	CGGTTTGGAC	AAAATGGAAG	GGGTTTTAAT	CCCGGCTGGG	TTTATTAAGG
CCS9801.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
CCS9802.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
CCS9803.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	..........	.....C....
CCS9806.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
CCS9813.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
MG1.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
MG3.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
MG9.SEQ	..........	..........	T........T	..........	..........	......C...	.....C....
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	430	440	450	460	470	480	490
11637.SEQ	TTACCATACT	AGAGCCTATG	AGTGGGGAAT	CTTTGGATTC	TTTTACGATG	GATTTGAGCG	AGTTGGACAT
CCS9801.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
CCS9802.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
CCS9803.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	..........	..........
CCS9806.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	........T.	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9813.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
MG1.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
MG3.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
MG9.SEQ	........T.	..........	..........	....A.....	..........	.....A....	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	500	510	520	530	540	550	560
11637.SEQ	TCAAGAAAAA	TTCTTAAAAA	CCACCCATTC	AAGCCATAGC	GGGGGGTTAG	TTAGCACTAT	GGTTAAGGGA
CCS9801.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9802.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9803.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9806.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	........G.	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9813.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
MG1.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
MG3.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
MG9.SEQ	C.........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	570	580	590	600	610	620	630
11637.SEQ	ACGGATAATT	CTAATGACGC	GATCAAGAGC	GCTTTGAATA	AGATTTTTGC	AAATATCATG	CAAGAAATAG
CCS9801.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
CCS9802.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
CCS9803.SEQ	..........	.......T..	..........	........C.	..........	..........	..........
CCS9806.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	.......T..	.........T	..........	..........	..........	..........
CCS9813.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
MG1.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
MG3.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
MG9.SEQ	..........	.......T..	..........	..........	..........	..G.......	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	640	650	660	670	680	690	700
11637.SEQ	ACAAAAAACT	CACTCAAAAG	AATTTAGAAT	CTTATCAAAA	AGACGCCAAA	GAATTAAAAG	GCAAAAGAAA
CCS9801.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
CCS9802.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
CCS9803.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9806.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
CCS9809.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
CCS9810.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	.....G....	..........
CCS9813.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
MG1.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
MG3.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
MG9.SEQ	..........	..........	..........	..........	......T..G	..........	..........
SS1.SEQ	..........	..........	..........	..........	..........	..........	..........
	710
11637.SEQ	CCGACTCGAG
CCS9801.SEQ	..........
CCS9802.SEQ	..........
CCS9803.SEQ	..........
CCS9806.SEQ	..........
CCS9809.SEQ	..........
CCS9810.SEQ	..........
CCS9813.SEQ	..........
MG1.SEQ	..........
MG3.SEQ	..........
MG9.SEQ	..........
SS1.SEQ	..........